De productie van de BMW auto's én de R 35 ging tot 1955 gewoon door. In eerste instantie nog gewoon met het BMW-logo op het frame, om op die manier de Westerse markt te kunnen bedienen. Dit was BMW uiteraard een doorn in het oog. De fabriek in München kroop maar langzaam uit het dal en had bovendien van de geallieerden beperkingen opgelegd gekregen waardoor men slechts mondjesmaat kon produceren. Toen het Landesgericht Düsseldorf in 1950 besloot dat er economische sancties zouden volgen, werd fabriek in Eisenach omgedoopt tot VEB Automobilwerk Eisenach, maar men voerde de merknaam EMW (Eisenacher Motorenwerk). Het logo werd slechts licht gewijzigd: wat blauw was werd rood en in de zwarte rand kwam "Eisenacher Motorenwerk" te staan. De typenamen van zowel de auto's als de motorfietsen veranderden in eerste instantie niet. Zo ging de BMW R 35 "EMW R 35" heten. De productieaantallen van de eerste jaren zijn niet bekend, maar de aantallen stegen tussen 1949 en 1955 van 4.250 naar 13.700. In tegenstelling tot wat men later van producten uit de DDR gewend raakte, werden de motorfietsen zelfs gemoderniseerd. In 1952 werd de R 35 voorzien van hydraulische schokdemping in de voorvork en bovendien werden de beschermrubbers van de vork vervangen door stalen buizen. De naam werd nu "R 35/2". In 1953 werd de machine voorzien van plunjervering achter, een systeem dat door BMW vanaf 1938 op zwaardere modellen al was ingevoerd. Het frame werd verlengd en verstevigd, de carterventilatie gewijzigd, en voetschakeling toegepast. Dit werd de R 35/3.

In (inmiddels) West-Duitsland kreeg de R 35 na 1940 geen opvolger (pas in 1948 verscheen de R 24, maar die mat slechts 250cc), maar eigenlijk kunnen de EMW R 35/2 en R 35/3 als zodanig worden beschouwd.